Propõe-se a seguinte estruturação para a construção de um mapa conceitual seguindo o princípio de diferenciação progressiva, adaptado de KAWASAKI (1996):

• escrever dentro de um retângulo o conceito principal do conteúdo a ser apresentado em forma de hiperdocumento;

• ao redor do primeiro retângulo, dispor outros retângulos contendo nomes de outros assuntos diretamente relacionados ao conceito principal;

• ligar cada retângulo ao primeiro por meio de setas direcionais ou bidirecionais e escrever junto a cada seta uma palavra de ligação que sugira a relação entre os dois conceitos;

• se houver dois conceitos ou mais, ligados ao conceito principal e que possuam alguma relação entre si, ligá-los entre si através de setas direcionais ou bidirecionais e escrever a relação existente entre os conceitos;

• repetir o procedimento até que todos os conceitos relevantes para o objetivo proposto tenham sido representados.

0. Escreva os termos ou conceitos principais que você conhece sobre o tópico selecionado. Escreva cada conceito ou termo em um cartão
1. Revise os cartões, separando aqueles conceitos que você NÃO entendeu. Também coloque de lado aqueles que NÃO ESTÃO relacionados com qualquer outro termo. Os cartões restantes são aqueles que serão usados na construção do mapa conceitual.
2. Organize os cartões de forma que os termos relacionados fiquem perto uns dos outros.
3. Cole os cartões em um pedaço de papel tão logo você esteja satisfeito com o arranjo. Deixe um pequeno espaço para as linhas que você irá traçar.
4. Desenhe linhas entre os termos que você considera que estão relacionados
5. Escreva sobre cada linha a natureza da relação entre os termos.
6. Se você deixou cartões separados na etapa 3, volte e verifique se alguns deles ajustam-se ao mapa conceitual que você construiu. Se isto acontecer, assegure-se de adicionar as linhas e relações entre estes novos itens.

Um  mapa conceitual pode  ser considerado um nível do hipertexto e ser interligado a outros mapas conceituais sobre o assunto ou assuntos correlatos.

Os mapas conceituais assim construídos ficam com uma estrutura aproximadamente hierárquica. Para distinguir-se o conceito mais abrangente, basta procurá-lo no topo da lista. Sua construção deve permitir que a passagem de um bloco de informações para outro só seja possível depois que o aluno tiver subsunçores adequados para seguir em frente, utilizando-se de exercícios que possibilitem medir o nível de aprendizagem do indivíduo, definindo o roteiro principal do programa, isto é, aquilo que o aluno deve realmente estar apto a fazer após estudar aquele roteiro.
Segundo KAWASAKI (1996), a escolha de determinadas informações em detrimento de outras, depende de três fatores:

• adequação de uma mídia para apresentar determinado tipo de informação, já que uma mesma informação pode ser apresentada de diversas formas;
• perfil dos aprendizes: alunos não alfabetizados ou deficientes visuais, por exemplo, podem determinar a elaboração de um software totalmente narrado;
• recursos materiais disponíveis para a utilização do programa. A utilização de material muito sofisticado além de necessitar mais tempo e pessoal especializado requer equipamento adequado.

• escolher o tema a ser abordado;
• definir o objetivo principal a ser perseguido;
• definir a apresentação dos tópicos, colocando-os numa seqüência hierarquizada com as interligações necessárias;
• dar conhecimento ao aluno do que se espera quanto ao que ele poderá ser capaz de realizar após a utilização do processo de aprendizagem;
• permitir sessões de feedback, de modo que ao aluno seja possível rever seus conceitos, e ao professor avaliar o instrumento utilizado, de modo a enfatizar sempre os pontos mais relevantes do assunto, mostrando onde houve erro e promovendo recursos de help.

Alguns autores (GAINES e SHAW, 1995) buscam o desenvolvimento de ferramentas que auxiliem na construção dos mapas conceituais.

Já existe sistema que permite a montagem de um mapa conceitual via Internet. O Institute for Human and Machine Cognition da  University of West Florida implementou uma ferramenta que denominam Knowledge Construction Tool (ou Ferramenta de Construção de Conhecimento). Esta ferramenta permite a criação colaborativa de um mapa conceitual.